Consulta nada que ver... por qué sería "correcto" desde el menú? desde la x de cerrar aplicaciones no?
Buen día!
Quizá a estas alturas de los desarrollos haya cosas que cambiaron, y no me he enterado... Pero hace unos cuantos años (unos 15, más o menos) el concepto de las ventanas en GNU/Linux era más o menos el siguiente:
* Cuando pulsás en la X de la esquina (superior derecha en KDE, Gnome, Mate y tantos otros, creo que en Unity estuvo mucho tiempo en la esquina superior izquierda) cerrás la ventana en sí misma, no la aplicación que está corriendo en esa ventana. Entonces el sistema de ventanas tiene que hacer "cosas" para matar (o no) a esa aplicación. Y quizá no sabe (o no puede) hacerlas, y la aplicación queda en el limbo...
* En cambio, cuando se quiere realmente cerrar, salir de una aplicación, usando la opción "Salir" o "Cerrar" provista por la misma aplicación se matan correctamente todos los procesos involucrados, se borran los archivos temporales que corresponde, se desbloquea lo que estaba bloqueado y todo queda "bonito y prolijo"
Por eso desde siempre se sugirió - propuso cerrar las aplicaciones desde sus propios comandos, y no desde la X de la ventana.
Reitero: quizá los manejadores de ventanas actuales evolucionaron y hacen todo el proceso de cierre de manera correcta y limpia. No lo sé. Pero, por las dudas, prefiero quedarme con mi vieja costumbre

Nos leemos!!